Fotonentherapie versterkt het natuurlijke herstelvermogen van ons lichaam, waardoor het effectief kan worden ingezet bij diverse gezondheidsproblemen. Dit geldt zowel voor fysieke als psychische aandoeningen, ongeacht of ze acuut of chronisch van aard zijn. Fotonentherapie kan worden toegepast bij verstoringen in het hormoonstelsel, het spijsverteringsstelsel en het zenuwstelsel, evenals bij problemen met het hart en de bloedvaten, de longen en luchtwegen, de nieren en urinewegen, de huid, de zintuigen en het bewegingsapparaat.
Enkele voorbeelden van aandoeningen waarbij fotonentherapie kan helpen zijn: